Die Claims Conference unterliegt einer Reihe verschiedener Kontrollmechanismen.
Staat New York
Die Claims Conference ist eine seit 1952 im Staate New York eingetragene Körperschaft. Als solcher unterliegt sie der Prüfung und Aufsicht des Generalstaatsanwaltes des Staates New York.
Bundesrechnungshof
Die Claims Conference ist verantwortlich für die Verteilung bedeutender Finanzmitteln, die von der Bundesregierung bereit gestellt werden; deshalb führt der Bundesrechnungshof bei der Claims Conference regelmäßige Prüfungen durch. Als Geld gebende Behörde überprüft auch das Bundesfinanzministerium regelmäßig die Arbeit der Claims Conference.
Österreichische Regierung
Bezüglich staatlicher Mittel aus Österreich unterliegt die Claims Conference auch der Prüfung durch die Österreichische Regierung.
Israel
Da die Claims Conference keinerlei staatliche Mittel aus Israel verwaltet, untersteht sie nicht der Aufsicht israelischer Behörden. Allerdings fördert die Claims Conference mit Mitteln der Claims Conference Nachfolgeorganisation gemeinnützige und wohltätige Organisationen (Amutot) in Israel, die alle unter der Aufsicht der für Amutot zuständigen Gerichtsbarkeit stehen.
Die Claims Conference stellt auch Mittel für Institutionen zur Verfügung, die unter der Aufsicht von israelischen Staatsministerien stehen. Diese Institutionen wiederum unterliegen der Aufsicht des staatlichen israelischen Rechnungsprüfers.
Rechnungsprüfung
Die Rechnungsprüfung bei der Claims Conference erfolgt durch die international anerkannte Wirtschaftsprüfungsfirma Ernst & Young. Eine vollständige Kopie der geprüften Jahresabschlüsse befindet sich auf der Website der Claims Conference, ebenso eine Liste aller von der Claims Conference verteilten Fördermittel.
Generalkontrolleur der Claims Conference
Besondere Tätigkeitsberichte und ausführliche Empfehlungen des Generalkontrolleurs werden von einem Kontrollausschuss geprüft, der sich aus ehrenamtlich tätigen Führungspersönlichkeiten zusammensetzt.
Im Fall von Betrug oder unethischem Verhalten von Angestellten der Claims Conference erstellt der Generalkontrolleur einen Sonderbericht, der ebenfalls veröffentlicht wird.
Der Generalkontrolleur der Claims Conference erstellt einen Jahresbericht über seine Tätigkeit, der anlässlich des Jahrestreffens des Direktoriums veröffentlicht wird.